Учет пеней по недоимкам, начисленным по результатам налоговых проверок

Рассмотрим ситуацию, когда по результатам налоговой проверки выявлена недоплата по налогам

Даже если налогоплательщик непосредственно после получения решения налогового органа оплатит сумму недоимки на ЕНС, это не избавит его от начисления пеней на сумму, указанную в решении о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения.
 

Но почему?

Дело в том, что сумма недоимки отразится в совокупной обязанности на ЕНС, на основании решений налоговых органов (со дня вступления в силу решения) (пп. 9 п. 5 ст. 11.3 НК РФ).

И как раз проблема в том, что решение налогового органа вступает в силу не сразу, а по истечении месяца со дня вручения налогоплательщику (п. 9 ст. 101 НК РФ).

А в соответствии с подпунктом 1 пункта 7 статьи 45 Налогового Кодекса РФ, обязанность по уплате налога может считаться исполненной только при условии учета соответствующей обязанности в совокупной обязанности на ЕНС.
 

Как начисляются пени в такой ситуации

Пени начисляются за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности на сумму недоимки, начиная со дня, следующего за днем установленного законодательством о налогах и сборах срока уплаты налога, по день (включительно) исполнения совокупной обязанности по уплате налогов.

Пока сумма недоимки не отражена на ЕНС, пени будут рассчитываться, даже если налогоплательщик оплатил задолженность.
 

А если оплатить сумму недоимки на ЕНС, а потом подать заявление на распоряжение положительным сальдо?

Опытные пользователи ЕНС быстро сообразили, что вправе исполнить решение налогового органа до его вступления в силу, оплатив сумму недоимки на ЕНС, и подав заявление на распоряжение положительным сальдо ЕНС (п. 9 ст. 101 НК РФ, п. 1 ст. 78 НК РФ).

В этом случае сумма задолженности учитывается в совокупной обязанности на ЕНС последовательно – с задолженности с наиболее ранним сроком уплаты (п. 6 ст. 11.3 НК РФ).

У налогоплательщиков остались вопросы: а что дальше будет происходить с начислением пеней?

В комментируемом письме ФНС России как раз и разъяснила, что пени учитываются в совокупной обязанности одновременно с недоимкой, в отношении которой она рассчитана.

Представление налогоплательщиком заявления о зачете положительного сальдо в счет исполнения не вступившего в силу решения налогового органа влечет учет в совокупной обязанности и соответствующих пеней.

С момента погашения недоимки, путем оплаты и последующего зачета положительно сальдо ЕНС прекращается начисление пеней на сумму недоимки.